Talvella 1576 Krakovaan, kuninkaiden kaupunkiin, saapuu toivoa täynnä oleva keski-ikäinen ylhäisönainen. Puola tarvitsee hallitsijan, ja ehdolla kuningattareksi on monien yllätykseksi Anna Jagellonica, kuuluisan dynastiansa viimeinen. Vuosikymmenten odotuksen jälkeen hän on myös päätymässä naimisiin.

Varjoista valtaistuimelle kertoo historian katveeseen jääneen Anna Jagellonican vaiheiden kautta kuninkaallisen naisen elämästä ja valintamahdollisuuksista uuden ajan alun Euroopassa. Samalla se kuvaa vallankäyttöä, diplomatian syntyä sekä kuohuvaa poliittista ja uskonnollista kulttuuria renessanssiajan Puolassa ja yleisemmin Itämeren valtapiirissä.

Annan nuorempi sisar Katarina oli päätynyt Ruotsin kuningas Juhana III:n puolisoksi, ja Puolan-Liettuan unionin sijainti Ruotsin, nousevan Venäjän ja Osmani-imperiumin välissä teki siitä tärkeän valtapelurin. Puola-Liettuan valtakunta on jäänyt kuningattarensa tavoin varjoihin, vaikka se tuolloin kattoi alueita nykyisestä Liettuasta, Valko-Venäjästä, Ukrainasta ja Latviasta, ja on vaikuttanut koko itäisen Keski-Euroopan muotoutumiseen.