Huhtikuussa 1900 Nokian Pitkäniemen mielisairaalaan tuotiin potilaaksi alakuloisuudesta, hallusinaatioista ja pakonomaisista seksuaalisista haluista kärsinyt nuorukainen, Maurits, joka kuvitteli, että hänen päässään oli hämähäkki. Diagnoosiksi annettiin nykyistä skitsofreniaa edeltänyt dementia praecox eli ennenaikainen tylsistyminen. Mauritsia pidettiin sairaalassa yksitoista vuotta, kunnes hänet poistettiin sieltä parantumattomana.
Kipeät sielut syventyy Mauritsin ja hänen kohtalotovereidensa sairauskertomusten avulla mielenterveyspotilaiden kokemuksiin ja mielenterveyden häiriöiden hoitoon Suomessa autonomian ajalta 1950-luvulle. Laitospotilaiden ohella tutustutaan kylähulluihin sekä muihin mielisairaaloiden ulkopuolella eläneisiin, tavalla tai toisella poikkeavina pidettyihin ihmisiin. Sairauden syiden ja hoitomenetelmien lisäksi teoksessa avataan sotien kaltaisten kriisien vaikutuksia mielenterveyteen sekä mielisairauden sosiaalisia ja kulttuurisia yhteyksiä.
Päähenkilöitä ovat hullut, hermostuneet ja haitalliset - kuten vakavasti mielisairaita, lievemmin oireilleita sekä yhteiskunnan normeihin sopeutumattomia aikanaan kutsuttiin. Paitsi henkisestä kärsimyksestä kirja kertoo myös toipumisesta ja paranemisesta aikana ennen modernien psyykenlääkkeiden ja avohoidon valtakautta.