Filosofian periaatteet sisältää koko Descartesin luonnontieteellisen järjestelmän filosofisesta aineellisuuden teoriasta ja hiukkasfysiikasta astronomiaan, geologiaan ja magnetismin teoriaan, inhimillistä aistijärjestelmää unohtamatta. Tavoitteena on uudistaa tieteen perusteet ja muovata uusi tieteellinen tieto kokonaiseksi maailmankatsomukseksi.

Teoksen suppeammat kirjoitukset kuvaavat tätä järjestelmää toisenlaisista näkökulmista. Totuuden tutkimus luonnollisella valolla esittelee Descartesin järjestelmän filosofisia perusteita kaunokirjallisin keinoin. Huomautuksia erääseen ohjelmajulistukseen hyökkää Descartesin entistä ystävää Regiusta ja tämän tieteellisiä näkemyksiä vastaan. Kokoelmaan sisältyy myös kirjeitä vuosilta 1641-1645.